Скорее всего есть какая то интеграция, в которой для изменения значений свойств используется
CIblockElement::Update
Если у товара есть набор свойств: COLOR, COUNT, SIZE, то при использовании следующего кода, будет потеряно значение свойства SIZE
$el = new CIBlockElement;
$PROP = array();
$PROP["COLOR"] = "Белый";
$PROP["COUNT"] = 38;
$arLoadProductArray = Array(
"PROPERTY_VALUES"=> $PROP,
"NAME" => "Элемент",
);
$PRODUCT_ID = 2;
$res = $el->Update($PRODUCT_ID, $arLoadProductArray);
Такая же ситуация может быть при использовании
SetPropertyValues вместо
SetPropertyValuesEx 
Простой
