Как показывать рекламу только тем кто переходил на сайт по определенным запросам из поиска?

Тут придётся составить скрипт, определяющий из utm-меток, по какому запросу был произведён переход. Затем, в зависимости от запроса, в счётчик надо будет отправлять пользовательский параметр. И уже на этот параметр нужно настраивать цели и условия ретаргетинга.
Начать стоит с помощи программиста для Вашего сайта, который бы смог составить скрипт для определения запроса из URL и отправки параметра/события в Яндекс.Метрику/Google Analytics.