Не подключается jquery в index.js, что делать?

Все равно никак

Leha Lepeha, ошибку пришлите

menu.js:66 Uncaught ReferenceError: $ is not defined
at Object../src/js/menu.js (menu.js:66)
./src/js/menu.js @ menu.js:66
__webpack_require__ @ bootstrap:19
./src/index.js @ index.js:1
__webpack_require__ @ bootstrap:19
(anonymous) @ bootstrap:83
(anonymous) @ bootstrap:83
content.js:2509 Uncaught TypeError: Cannot read property 'mb_nnk_button' of undefined
at Object.getMessage (content.js:2509)

Leha Lepeha, где-то в bootstrap.js у вас должно быть строка: window.$ = window.jQuery = require('jquery');

Алексей Скляров, сейчас, все другие ошибки исчезли кроме той же самой

menu.js:66 Uncaught ReferenceError: $ is not defined
    at Object../src/js/menu.js (menu.js:66)

Такая же ошибка может как то через Webpack подключить?

Leha Lepeha, скиньте все импорты файла ./js/menu.js и 66 строку

Menu.js: 66 строка последняя

/* Открытие меню */
 
var main = function() { //главная функция
 
    $('.js-icon-menu').click(function() { /* выбираем класс icon-menu и
               добавляем метод click с функцией, вызываемой при клике */
 
        $('.js-nav').animate({ //выбираем класс menu и метод animate
 
            left: '0px' /* теперь при клике по иконке, меню, скрытое за
               левой границей на 285px, изменит свое положение на 0px и станет видимым */
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс
         
        $('.js-header').animate({ //выбираем тег body и метод animate
 
            left: '285px' /* чтобы всё содержимое также сдвигалось вправо
               при открытии меню, установим ему положение 285px */
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс
    });
 
 
/* Закрытие меню */
 
    $('.js-icon-close').click(function() { //выбираем класс icon-close и метод click
 
        $('.js-nav').animate({ //выбираем класс menu и метод animate
 
            left: '-285px' /* при клике на крестик меню вернется назад в свое
               положение и скроется */
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс
         
    $('.js-header').animate({ //выбираем тег body и метод animate
 
            left: '0px' //а содержимое страницы снова вернется в положение 0px
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс
    });

    $('.nav__link').click(function() { //выбираем класс icon-close и метод click
 
        $('.js-nav').animate({ //выбираем класс menu и метод animate
 
            left: '-285px' /* при клике на крестик меню вернется назад в свое
               положение и скроется */
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс

        // $('.nav__item').animate({

        //     left: '-285px'

        //  }, 200);
         
    $('.js-header').animate({ //выбираем тег body и метод animate
 
            left: '0px' //а содержимое страницы снова вернется в положение 0px
 
        }, 200); //скорость движения меню в мс
    });
};

 
$(document).ready(main); /* как только страница полностью загрузится, будет
               вызвана функция main, отвечающая за работу меню */

Писал не сам, помогали, поэтому и столько комментариев

Leha Lepeha, такой код сразу хочется сжечь