Как в fancybox 3 загрузить через ajax только часть html?

Через AJAX загружается только весь документ от и до. Это технически невозможно. Будь то html, text, xml или json.
Обычно используют, например, get или post запросы, чтобы получить только определённые данные, а не все сразу. Можете попробовать измазаться в бекенде и поставить свой мост, который будет брать данные с конечного сайта, фильтровать их и отдавать вашему скрипту только то, что нужно.

Разве что самим сделать запрос, получить html, взять нужный селектор и вставить в окно fancybox

getFile('plan-floor-pop-up.html', function ($html) {
    return $('#one', $html);
}).done(function ($html) {
    //> Нужный jQuery Selector для вставки в DOM
});

function getFile(link, filter) {
    return $.ajax($.extend(true, {}, {
        method: 'GET',
        dataType: 'text',
        dataFilter: function (response) {
            var $html = $(response);
            if (filter) filter($html);
            return $html;
        }
    }, {
        url: link
    }));
}