Как на Python можно сделать визуализацию Красноярского края и Челябинской области?

Смотря что нужно от этой визуализации. Я бы сделал визуализацию на web с использованием leafletjs. Данные можно поставлять питоном, например через flask. Сами полигоны областей можно взять на openstreetmap.
А вот ролигоны, если нужно масштабирование, хранилбы в opengis (postgres) или какй нибудь базе на основе rtree+ алгоритма поиска-хранения.

Здесь посмотрите gis-lab.info/qa/rusbounds-rosreestr-gen.html

Я бы предпочел бы это.
Отрисовывать... Хм... Да хоть и фласк. Я с ним практически не знаком, а вот "выплюнуть" в PyQt вполне реально и с масштабированием и всем прочим.