В битриксе, в инфоблоке задаются только правила формирования урлов разделов и элементов этого инфоблока.
Сами же правила ЧПУ настраиваются в комплексном компоненте. И как я и предполагал они у вас отличаются, что и вызывает такое поведение. У вас стоит в шаблоне путей #SECTION_CODE# а должно быть как и в настройках инфоблока #SECTION_CODE_PATH#
Как должно быть, в самом конце файла
"SEF_URL_TEMPLATES" => array(
"sections" => "",
"section" => "#SECTION_CODE_PATH#/",
"element" => "#SECTION_CODE_PATH#/#ELEMENT_CODE#/",
"compare" => "compare/",
"smart_filter" => "#SECTION_CODE_PATH#/filter/#SMART_FILTER_PATH#/apply/",
)
