Как правильно сгенерировать и подключить ssl сертификат в nginx?

Проще всего получить сертификат от Let's Encrypt.
Инструкция здесь: https://certbot.eff.org
Выбираете сервер (nginx) и ОС, открывается инструкция.

Вот пример для debian 9:
https://certbot.eff.org/lets-encrypt/debianstretch...

А вот конфигурация хоста:

server {
    listen 443 ssl default_server;
    server_name my-domain;
    
    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/my-domain/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/my-domain/privkey.pem;
  
    # ...
}

Это упрощенно. Работать будет, но почитайте еще про настройку HTTPS в nginx.