В чем проблема Github?

так английским по белому же написано в чем проблема и как решить: смержите файлы.

У вас есть изменения в рабочей папке, их нужно либо удалить, либо закомитить, либо спрятать.
Большой совет, если вы только учитесь обращаться с git, пользуйтесь исключительно консолью, поскольку git(и svg, и hg) - консольные. C gui вы ничего не поймёте, и это закончится порчей репозитория, и ладно если своего.