PHPmyAdmin кажется уже давненько имеет возможность моделировать
ну и чисто в копилку (потому что платные, но посмотреть стоит) - программы Navicat:
Navicat Data Modeler
Navicat for MySQL
Navicat for Oracle
Navicat for PostgreSQL
Navicat for SQL Server
Navicat for SQLite
