$arr = [
'0.1' => [ // значение с правой колонки
'old' => 0.1, // значение с правой колонки
'new' => ['0.1'] // значение с левой колонки
],
...,
'01.11.1' => [
'old' => '01.11.1',
'new' => [
'01.11.1',
'01.11.11',
....
'01.11.2',
]
]
// и т.д.
$sorted = []; // Результирующий массив
foreach ($lines as $line) { // $line[0] - old, $line[1] - new
$sorted[$line[1]]['old'] = $line[1];
$sorted[$line[1]]['new'][] = $line[0];
}