Разницы не будет до тех пор, пока не повернете главную ось. Например, при адаптации к мобильным размерам.
В случае с шириной, указанное значение так шириной и останется. А в случае basis станет высотой.
Я обычно не меняю направление оси, а только изменяю width или basis. В случае с сеткой вероятнее всего будет также, но надо смотреть как устроена конкретная.
Т.е. вывод: если поворота главной оси нет, то без разницы.
Песочница для горизонтальной основной оси:
https://jsfiddle.net/Ls3mdfa5/ В ней можно поэкспериментировать с разными shrink, grow и содержимым ячеек, при том, что у средней в одном случае width, в другом basis.
