Зачем заказчик заключает long term project на upwork при одноразовом заказе?

скинул оффер, он сказал, что заключил long term.

Что значит, сказал? У вас есть fixed price job(кстати, в момент открытия этой задачи деньги с его карты списывает и блокирует у себя апворк), этого необходимо и достаточно. Видимо, он что-то имел ввиду..типа с вами посотрудничаем и еще, но не уверен, зависит от контекста ваших с ним договоренностей..Вполне возможно, что будут еще milestones в рамках этой же задачи, клиент может их добавлять в дальнейшем.

и возможно тупой вопрос, но оплатит ли он сейчас работу которую я выполнила и о которой он просил?

После того, как сделали работу, нажимаете кнопочку о запросе денег. Почему может не оплатить? Есть опасения?
На репутацию и профиль клиента смотрели? О нем есть отзывы? Давно работает? Подтвержден ли метод оплаты? Любые сомнения и вот это вот

Изначально возникали недопинимания

трактуются не в его пользу)

Так же хотела бы спросить, если есть оффер, нужно ли себя обезопасить и скидывать ему готовые работы с вотермаркой? или он уже не сможет меня обмануть?

Вы понимаете под этим именно offer в терминах апворк? Имхо оффер надо сначала превратить в Job, подтвердив его. Без этого даже не начинать работу.
Если вы занимаетесь графикой, до оплаты можно скидывать результат с водяными знаками или в качестве похуже. Но опять же, если есть опасения, часто это все просто не нужно.

По поводу fixed-price контрактов - ваша работа состоит из одного или нескольких milestones (этапов).
Заказчик, заключая контракт по фиксированной ставке, создаёт и депонирует средства как минимум на один milestone - эта сумма будет видна на вкладке "Milestones & Earnings" в колонке "In Escrow" вашего контракта. Обратите внимание, что клиент зачастую может депонировать совсем не ту сумму, на которую вы с ним договорились. То есть, если вы договорились выполнить работу за один этап, убедитесь в том, что вся сумма депонирована.

По процессу работы - совершенно нормально давать заказчику черновые версии качеством похуже или с вотермарками.
Когда работа будет выполнена, вы должны оправить её заказчику, нажав на кнопку "Submit Work for Payment". Далее ждём реакции клиента. Тут три варианта:

1) Клиент подтверждает milestone. Вы получаете деньги через 5 дней.
2) Клиент просит правок. Делаете правки, повторяете отправку.
3) Клиент отморозился и не отвечает. По истечении 2-х недель Upwork автоматом зачислит депонированную сумму (вот почему важно всегда проверять это!) на ваш аккаунт.

Если совсем абстрактнто "зачем", то это очевидно - заказчику надо планировать бюджет, запрашивать инвестиции, итп. И лонгтерм в этом плане более надёжный и выгодный вариант, чем куча разовых работ. Инвесторы не любят распыляться по мелочам.

Ну а конкретно это надо спрашивать у заказчика.
Судя по вашему "сказал, что заключил" может показаться, что заключил вовсе не с вами.