Хранить конфигурацию таксономий в опциях - пожалуй, самое странное решение из возможных. Минусы (предполагается, что autoload=yes, потому как таксономии регистрируем при каждом запросе) могут быть неочевидны на первый взгляд, но с точки зрения производительности они существенны, а иногда критичны. Автозагрузочные опции грузятся одним пакетом в $all_options. И кешируются. Далее, если есть object cache, то все это кешируется одним куском. А тот же memcached имеет определенные лимиты на объем данных. Превысили лимит - получили проблемы. Далее, вы каждый раз десериализуете данные и работаете с массивами. В последних версиях PHP десериализация вполне быстрая (igbinary правда все равно быстрее), но вы это делаете каждый раз, без острой на то необходимости. Тот же массив в виде обычного array в PHP-файле во-первых не десериализуется, во-вторых скомпилен в байткод посредством Opcache.
Самый главный вопрос - зачем вообще это хранить в опциях? Какую проблему / задачу вы этим пытались решить?
