Каким скриптом или программой можно отсортировать файлы по формату (заголовку) в папке?

Что вы подразумеваете под "сортировкой"? Присвоить верные расширения? Можно пройти по ним командой identify из imagemagick, сложить результат в csv, а потом переименовать всё в соответствии с найденными данными.

все правильно 2 вопроса по сути в 1 - как переименовать с правильным расширением и как отсортировать форматы по папкам например png в папку PNG , jpg в JPG. Встречный вопрос - как автоматом переименовать в соответствии с найденными данными?

Задачи на bat-файлах