Как из shortstory вывести отдельно код DLE?

Вы хотите, чтобы не добавлялся каждый раз в коде страницы?
Если да, то вот идея:
в main.tpl выносите блок

<div id="okno_content" style="display:none;">
</div>

ищите где объявлена функция showOkno_, и переделайте, чтобы она только заменяла контент в этом блоке с #okno_content селектором вместо добавления его каждый раз в страницу.

Дмитрий Рублёв, а если в обвертывании внутри доп поля? они работают в main.tpl ?

Роман Прогрессив, не думаю, что из шортстори получится вытащить контент в main.tpl .

Попробуйте лучше всё, что не нужно показывать сразу, а требуется вывести джаваскриптом, запихнуть в переменную, чтобы оно было доступно браузеру на странице, и могло бы вставиться в содержимое окна, когда сработает функция showOkno_().

То есть, в shortstory.tpl будет находиться код подобного вида:

<script>
[xfgiven_1]var {news-id}_xfield1="[xfvalue_1]";[/xfgiven_1]
...
[xfgiven_N]var {news-id}_xfieldN="[xfvalue_N]";[/xfgiven_N]
</script>

А в showOkno_() будет передаваться номер новости, по которому можно будет подтянуть переменные вида {news-id}_xfieldX, и вставить в окошко из предыдущего моего комментария.

Как-то так.