Удалить всё с сайта, не задев поддомен?

Откуда ж нам знать как вы там перенесли и не сломается ли чего.

Ну если вы в файловом менеджере или в консоли видите разных две папки (не симлинки). И на файловом уровне нет хитрых пересечений, а в логике поддомена нет никаких хитрых редиректов/симлинков на основной домен.
Если вы уверены что каждый сайт использует свою собственную копию базы данных (т.е. в файловой конфигурации это прописано, т.к. просто две базы недостаточно.)
То даже в этом случае я бы вам порекомендовал сначала сделать полный бэкап файлов и базы данных.
А потом можно уже не боятся грохать...