Есть ли инструмент, где можно быстро изменить имена классов, id, имен в html/css?

Автозаменой в любом текстовом редакторе, в некоторых даже с помощью регулярных выражений. Современные IDE могут с папками такое проворачивать.

а там имена классов и всего прочего дикие

В чем это выражается, Вы уверены, что эти именования не имеют смысла?

Имею скачанный шаблон

Не уверен, что стоит об этом рассказывать посторонним :)