Как настроить фильтры в Opencart 2.3?

Вы стандартный фильт используете?

Фильтры в админке добавили

В дочерние категории тоже добавили?

Как его включить на тех страницах где есть товар и убрать на странице категорий где нет товара

У вас там есть счетчик количества товаров. Если товаров 0, не показывайте фильтр.

Лучше поставьте какой нибудь модуль фильтра: Ocfilter или MegaFilter. Часть вопросов по фильтрам, которые у вас потом еще возникнут, они снимут.