Как в catalog.top вывести элементы из нескольких инфоблоков?

У компонент catalog.top свойство IBLOCK_ID не является множественным
это из параметров компонента

IBLOCK_ID' => array(
			'PARENT' => 'BASE',
			'NAME' => GetMessage('IBLOCK_IBLOCK'),
			'TYPE' => 'LIST',
			'ADDITIONAL_VALUES' => 'Y',
			'VALUES' => $arIBlock,
			'REFRESH' => 'Y',
		),

чтобы был множественным, нужно поле MULTIPLE с значением Y

Вы можете создать новый компонент, унаследованный от CatalogTopComponent
в файле .parameters.php указать мультипле для выбора ИБ.
Возможно придется поиграть с переопределением метода checkIblock, добавив туда свою логику проверки