Если посмотреть на методы Add и Update класса CIblockElement то обновление выполняется следующим кодом:
if(array_key_exists("IBLOCK_SECTION_ID", $arFields))
{
if (!array_key_exists("IBLOCK_SECTION", $arFields))
{
$arFields["IBLOCK_SECTION"] = array($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"]);
}
elseif (is_array($arFields["IBLOCK_SECTION"]) && !in_array($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"], $arFields["IBLOCK_SECTION"]))
{
unset($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"]);
}
}
Таким образом если вы будете передавать IBLOCK_SECTION_ID и не будете передавать массив других разделов - IBLOCK_SECTION, то они будут обнулены.
Простой