Как лучше организовать код?

Разрабатываю проекты на php, которые становятся все больше. При разработке нового проекта я столкнулся с проблемой - организацией кода в проекте, логики и т.д.

Кратко опишу мой проект и его структуру. Опишу образно и упрощенно.
Проект разделен на модули, каждый из которых выполняет свои задачи. Модуль - это отдельный проект (папка с файлами). для каждого модуля создана своя БД с именем этого модуля, содержащая таблицы, используемые при работе этого модуля.

Примеры модулей
Модуль статистики - собирает статистику.
Модуль отображения - выводит графики на экран.
Это только пара из множества модулей.

Важно обеспечить стабильность работы системы. А также независимость работы модулей.
Например, чтобы при удалении модуля статистики, модуль отображения оставался работоспособным.
(С учетом того, что он не использует модуль статистики, например его данные. )

Полная независимость модулей друг от друга не рациональна т.к. они используют общие файлы, общие функции (js билиотеки, css и т.д.). Например - для каждого модуля нужна проверка авторизации пользователя.
Значит нужна функция. Где её писать? Как организовать структуру?

Я руководствуюсь следующей логикой. Так как это общая функция т.е. будет использоваться во многих модулях, то создаю папку common.
Так как эта функция связана с безопасностью, то создаю файл security_functions.php. И там пишу функцию.
Итого имею файл common/security_functions.php и подключаю его во все модули.

Хорошо. Но теперь мне надо создать систему логирования. Чтобы знать, если вдруг пользователь не смог войти в систему (подбор пароля). По аналогии пишу функцию. Итого имею второй файл common/log_functions.php

Также мне надо работать с данными. Например создать массив с кодами ошибок. Которые будут использованы в системе логирования.

И вот тут уже возникает проблема. Новая предполагаемая функция будет работать и с данными и с безопасностью. Там будут и коды событий и коды ошибок. Куда её писать? В какой файл?
С другой стороны и функция логирования тоже связана с безопасностью. Она может писать и стандартные события (любые) и события неудачных попыток входа.

Разделение функций по назначению становится сомнительным. Особенно при огромном их числе.
Система многофункциональная у неё много задач и просто так разделить функции у меня не выходит.
Писать всё в один файл и подключать его ко всем модулям - создавать риск одной ошибкой сломать всю систему. Писать куда попало - плохо с организационной точки зрения.

Создавать 10 файлов с функциями (в которых есть и пространства имен), подключать их к модулю (или часть файлов), а потом использовать тоже затруднительно. Иногда просто забываешь а в каком файле у тебя эта функция. Ты не видишь их всех, "бегаешь по файлам".

Помимо этой проблемы, возникает ещё проблема взаимосвязи с БД.
Каждый модуль выполняет свои задачи. И для своих задач он использует свою БД, со своими таблицами.

Иногда, общеиспользуемая функция - та что используется в нескольких модулях, вынуждена брать информацию из БД другого модуля. И это снова зависимость. Удалив модуль и БД мы повлияем на работу других модулей. Изменив структуру БД мы повлияем на работу других модулей.

Возникает множество логических противоречий. Деление функций по задачам, назначению затруднительно, при их большом количестве. Деление по модулям (эти функции только используем в этом файле с этой бд) невозможно в силу того, что часть из них повторяются. Проще говоря общие - и дублировать их в каждом модуле нет смысла. Деление функций по БД - эта функция принадлежит этому модулю т.к. для него используется эта БД тоже невозможно т.к. функции могут использовать разные БД.

Надеюсь поняли о чем я говорю. Хотя это сложно, понять этот текст.)
Проще - система состоит из кучи всего и это всё крайне взаимосвязано. А надо устранить большинство связей, разложить всё по полочкам, по категориям для удобной разработки и поиска ошибок.

Как лучше организовать код? Предложения?