Как правильно организовать маршрутизацию в таком случае?

Если организовать маршруты таким образом, то нагрузка на urlManager будет не маленькой, так как по каждому правилу придется проверяться наличие той или иной новости, наличие того или иного пользователя, также придется контролировать уникальность slug для каждой сущности.
Поэтому лучше отказаться от такой схему маршрутизации, а внести в маршруты для отдельных сущностей
свои индивидуальные особенности, например:

site.ru/c/moscow - выбор города
site.ru/u/user1 - страница пользователя
site.ru/n/newsitem - детальный просмотр новости
site.ru/p/page - какая-нибудь страница (с динамическим slug)

Полностью согласен с Евгений Бухарев, добавлю еще 1 вариант с
site.ru/city_moscow
site.ru/user_1
site.ru/news_antonina-ela-ovosh
site.ru/page_about
Но придется писать свой urlManager, и ждать доп проблем с ростом проекта. Так что чаще юзают классику site.ru/city/moscow. К тому же это RESTfull