Как решить ошибку «must be an instance of Symfony....»?

зачем вам конструктор в репозитории? удалите его и очистите кеш

Максим Федоров, После удаления ошибка изменилась:

Fatal error: Uncaught TypeError: Argument 1 passed to Doctrine\Bundle\DoctrineBundle\Repository\ServiceEntityRepository::__construct() must be an instance of Doctrine\Common\Persistence\ManagerRegistry, instance of Doctrine\ORM\EntityManager given, called in _путь к проекту_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory.php on line 68 and defined in _путь к проекту_\vendor\doctrine\doctrine-bundle\Repository\ServiceEntityRepository.php:28

так на ощупь тяжело помочь -- попробуйте отнаследовать репозиторий от EntityManager

Максим Федоров, К сожалению и это попробовал, удалил AccountRepository.php и через команду php bin/console make:entity --regenerate восстановил, но проблема вернулась:

Fatal error: Uncaught TypeError: Argument 1 passed to App\Repository\AccountRepository::__construct() must be an instance of Symfony\Bridge\Doctrine\RegistryInterface, instance of Doctrine\ORM\EntityManager given, called in _путь к проекту_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory.php on line 68 and defined in _путь к проекту_\src\Repository\AccountRepository.php:17

w_b_x, а код репозитория показать? и аннотацию к энтити тоже

padlyuck, Это снова Вы, мой спаситель)

Конечно:
App\Repository\AccountRepository.php:

<?php

namespace App\Repository;

use App\Entity\Account;
use Doctrine\Bundle\DoctrineBundle\Repository\ServiceEntityRepository;
use Symfony\Bridge\Doctrine\RegistryInterface;

/**
 * @method Account|null find($id, $lockMode = null, $lockVersion = null)
 * @method Account|null findOneBy(array $criteria, array $orderBy = null)
 * @method Account[]    findAll()
 * @method Account[]    findBy(array $criteria, array $orderBy = null, $limit = null, $offset = null)
 */
class AccountRepository extends ServiceEntityRepository
{
    public function __construct(RegistryInterface $registry)
    {
        parent::__construct($registry, Account::class);
    }

    // /**
    //  * @return Account[] Returns an array of Account objects
    //  */
    /*
    public function findByExampleField($value)
    {
        return $this->createQueryBuilder('a')
            ->andWhere('a.exampleField = :val')
            ->setParameter('val', $value)
            ->orderBy('a.id', 'ASC')
            ->setMaxResults(10)
            ->getQuery()
            ->getResult()
        ;
    }
    */

    /*
    public function findOneBySomeField($value): ?Account
    {
        return $this->createQueryBuilder('a')
            ->andWhere('a.exampleField = :val')
            ->setParameter('val', $value)
            ->getQuery()
            ->getOneOrNullResult()
        ;
    }
    */
}

App\Entity\Account.php:

<?php

namespace App\Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/**
 * @ORM\Entity(repositoryClass="App\Repository\AccountRepository")
 */
class Account
{
    /**
     * @ORM\Id()
     * @ORM\GeneratedValue()
     * @ORM\Column(type="integer")
     */
    private $id;

    /**
     * @ORM\Column(type="string", length=255, unique=true, nullable=false)
     */
    private $username;

    /**
     * @ORM\Column(type="string", length=255, nullable=false)
     */
    private $password;

    /**
     * @ORM\Column(type="integer", nullable=true)
     */
    private $status;

    /**
     * @ORM\Column(type="string", length=255, nullable=true)
     */
    private $status_title;

    /**
     * @ORM\Column(type="datetime", nullable=true)
     */
    private $access_date;

    /**
     * @ORM\Column(type="integer")
     */
    private $owner_id;

    /**
     * @ORM\Column(type="string", length=255, nullable=true)
     */
    private $avatar;

    /**
     * @ORM\Column(type="boolean", nullable=true)
     */
    private $autopay;

    /**
     * @ORM\Column(type="integer")
     */
    private $worker_id;

    public function getId(): ?int
    {
        return $this->id;
    }

    public function getUsername(): ?string
    {
        return $this->username;
    }

    public function setUsername(string $username): self
    {
        $this->username = $username;

        return $this;
    }

    public function getPassword(): ?string
    {
        return $this->password;
    }

    public function setPassword(string $password): self
    {
        $this->password = $password;

        return $this;
    }

    public function getStatus(): ?int
    {
        return $this->status;
    }

    public function setStatus(?int $status): self
    {
        $this->status = $status;

        return $this;
    }

    public function getStatusTitle(): ?string
    {
        return $this->status_title;
    }

    public function setStatusTitle(?string $status_title): self
    {
        $this->status_title = $status_title;

        return $this;
    }

    public function getAccessDate(): ?\DateTimeInterface
    {
        return $this->access_date;
    }

    public function setAccessDate(?\DateTimeInterface $access_date): self
    {
        $this->access_date = $access_date;

        return $this;
    }

    public function getOwnerId(): ?int
    {
        return $this->owner_id;
    }

    public function setOwnerId(int $owner_id): self
    {
        $this->owner_id = $owner_id;

        return $this;
    }

    public function getAvatar(): ?string
    {
        return $this->avatar;
    }

    public function setAvatar(string $avatar): self
    {
        $this->avatar = $avatar;

        return $this;
    }

    public function getAutopay(): ?bool
    {
        return $this->autopay;
    }

    public function setAutopay(?bool $autopay): self
    {
        $this->autopay = $autopay;

        return $this;
    }

    public function getWorkerId(): ?int
    {
        return $this->worker_id;
    }

    public function setWorkerId(int $worker_id): self
    {
        $this->worker_id = $worker_id;

        return $this;
    }
}

Всё создавалось через make:entity и не изменялось, в Symfony работает отлично, а вот в коде выше внезапно перестало

w_b_x, вроде бы всё законно. попробуйте пошагово пройтись дебагом. или найдите момент в который "внезапно" всё поломалось

padlyuck, Очень странно, теперь ломается код всегда. Пересоздал проект, по-новой установил Symfony, по-новой создал 1 объект account через make:entity и попробовал код
папка проекта\worker\test.php:

<?php
require __DIR__.'/../vendor/autoload.php';
use Doctrine\ORM\Tools\Setup;
use Doctrine\ORM\EntityManager;
use App\Entity\Account; // Подключаю объект account, который прекрасно работает из Symfony
$isDevMode = true;
$entitiesPaths = array(__DIR__.'/../src/Entity'); //Путь до папки /src/Entity
$dbParams = array(
    'dbname' => 'база',
    'user' => 'логин',
    'password' => 'пароль',
    'host' => '127.0.0.1',
    'driver' => 'pdo_mysql');
$config = Setup::createAnnotationMetadataConfiguration($entitiesPaths, $isDevMode, null, null, false);
$em = EntityManager::create($dbParams, $config);
$id = 9; // для примера
$account = $em->getRepository(Account::class)->findOneBy([
    'id'=>$id,
]);
var_dump($account);

Всё равно выходит ошибка:

Fatal error: Uncaught TypeError: Argument 1 passed to App\Repository\AccountRepository::__construct() must be an instance of Symfony\Bridge\Doctrine\RegistryInterface, instance of Doctrine\ORM\EntityManager given, called in _папка_проекта_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory.php on line 68 and defined in _папка_проекта_\src\Repository\AccountRepository.php:17
Stack trace:
#0 _папка_проекта_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory.php(68): App\Repository\AccountRepository->__construct(Object(Doctrine\ORM\EntityManager), Object(Doctrine\ORM\Mapping\ClassMetadata))
#1 _папка_проекта_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory.php(50): Doctrine\ORM\Repository\DefaultRepositoryFactory->createRepository(Object(Doctrine\ORM\EntityManager), 'App\\Entity\\Acco...')
#2 _папка_проекта_\vendor\doctrine\orm\lib\Doctrine\ORM in _папка_проекта_\src\Repository\AccountRepository.php on line 17

w_b_x, так и должно быть, ваши репозитории наследуются от ServiceEntityRepository(лежит в doctrine-bundle, который обеспечивает связку symfony с доктриной), а чистая доктрина пытается репозитории создать как наследников от \Doctrine\ORM\EntityRepository. у них разные конструкторы, отсюда и ошибка. В чем отличие ServiceEntityRepository от EntityRepository не подскажу, т.к. не в курсе этих тонкостей. Проверяйте методом тыка, на свой страх и риск. ну и исходники той же доктрины никто не запрещает посмотреть.