Поглядеть в первую строчку application/controllers/Notfound.php и выяснить, откуда там берётся лишний вывод. Может быть, там BOM затесался в начале файла.
1. Проверьте папки и файлы на права.
2. Найдите тот файл, что выдаёт ошибку и проверьте её. (кажется в этом и причина)
3. Проверьте все ли файлы загрузили.
Простой
