Путаете теплое с мягким.
На сервере Нода работает в том случае, если к ней идут обращения с сайта. Например, можно реализовать API на сервере на Ноде и слать запросы с сайта (то есть, с клиента) на сервер, получать и обрабатывать ответы и выводить результат.
Но совсем необязательно делать API на Ноде, да и вообще необязательно делать API — можно по-старинке зашить логику и вьюшки в MVC и сделать проект на чистом PHP, а JS использовать только для слайдеров каких-нибудь.
