Как можно узнать модули, имея php код?

Если вы про модули которые в разделе extenstion файла php.ini прописаны - то самое простое, это включить вывод ошибок и попользоваться системой. В случае вызова каких-то функций из неподключенного модуля - будет выдаваться ошибка, что функции такой нет. В документации к php смотрите в каком она модуле.
Более теоретически верный вариант - это распарсить исходники на предмет всех используемых и определяемых функций. Составить список функций, которые используются, но не определены в коде. Затем прогнать их через функцию function_exists() или class_exists() если там классы и аналогично искать в документации в каком модуле они определяются.

Система сама скажет если не найдет того что нужно.

Поставьте это в начало кода

ini_set('error_reporting', E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);
ini_set('display_startup_errors', 1);

Как вариант: посмотрите требования к модулям для drupal или wordpress - этого наверняка будет достаточно.

Можно использовать анализаторы типа такого:
https://github.com/wapmorgan/PhpCodeAnalyzer

И вот ещё список: https://github.com/exakat/php-static-analysis-tools

Если же под модулями вы имеете в виду библиотеки, то скорее всего с проектом идёт файл composer.json, который предназначен для менеджера зависимостей Composer, которым вы можете установить всё, что нужно.