Как удалить программу в виндовс, если она отсутствует в установленных программах?

Попробуйте старую программу Windows Installer CleanUp (MSICUU2.EXE).

Она могла приехать в довесок с чем то без полноценной установки. Можно же посмотреть в том числе и где лежит и дату создания папки, да сопоставить что в это время было установлено.

Попробуйте в папке, где она установлена отыскать деинсталлятор. uninstall.exe, какой-нибудь msi файл или типо того,
путь к папке куда прога установлена можно через ярлык найти или через путь к процессу в диспетчере задач (нужно колонку пути отобразить).

Если деинсталлятора нет (хотя должен быть) можно грохнуть ручками
Программа состоит из :
- exe и других модулей на диске , куда она была установлена в программ файлс.
- записей в реестре
- ярлычков, прописанных в автозагрузку
- системных библиотек.
Можно тупо грохнуть модули, если нет корректного деинсталлятора и почистить записи в реестре (поиск в реестре по имени программы)
Грохнуть ярлыки.
Останется некоторый мусор, но винда его тоннами качает (обновления, заплатки и прочее), так что сильно на работу компа это не повлияет.