Как планировать архитектуру приложения?

Примерно так:

В целом логика следующая:

1. Сделать декомпозицию задачи
   
2. Установить взаимосвязи элементов
   
3. Нарисовать схему и логику взаимодействия элементов
   

И вот на основе данной схемы намного проще понять и разобраться какие классы, структуры, интерфейсы и прочее требуется.

Правильная архитектура - это высший пилотаж. К этом идут, и не все доходят.

Для начала советую взять на вооружение следующий принцип. Хоть какая-то архитектура начинает появляться, когда код разделяется на независимые блоки с неизменными хорошо описанными интерфейсами. Вот сидишь, пишешь программу абы как и тут понимаешь, что этот блок пишешь уже десятый раз - пора его выносить в отдельную функцию. Со временем такие куски с первого раза видишь и начнёшь обрастать своими библиотеками, строительный запас которых сделает твой код лаконичным и гибким.

Этого было бы достаточно, чтобы быть хорошим программистом в 20 веке. Увы, дальше придётся учиться:
1. "Чистая архитектура" Мартин
2. "Совершенный код" Макконнелл
3. Паттерны ООП https://refactoring.guru/ru

никак
это только с опытом приходит

Алекс, тебя не смущает классическая иерархия программистов Джун-Миддл-Синьор-Архитект?

Извини, но твой вопрос из серии "новобранец спрашивает, как научиться стратегическому мышлению уровня маршала".

Дорастешь до синьора - сам начнешь понимать. Пока - никак.

Для примера: "как организовать (правильно, быдлокод пишу и так) иерархию/структура классов - реализация чтения данных из разных источников (разные файлы, база и т.д.) " - ну, скажу я тебе, что надо либо организовать общий интерфейс и фабрику ридеров (вариант А), или же реализовать это в виде стратегий (вариант Б) - это сильно поможет?