Как все таки лучше хранить картинки для сайта?

нет оптимальных способов, и каждый делает как ему надо. Мне, например, нравится хранить оригинал приемлемого размера за корнем сервера, а выдавать скриптом нужный формат. При этом crop и параметры фильтров картинки хранить в БД. При таком варианте легко снабжать картинки дополнительными штуками типа "водяных знаков", логотипов, EXIF и т.п.

ЧПУ картинки наврядли как-то влияет на SEO (если, конечно имя файла не латинскими буквами, и содержит всякие знаки препинания - это может скверно сказаться), а вот её оформление в документе очень влияет. Обязательно для картинки, любой (!!!) - атрибут alt, очень полезно title. А если картинка в элементе бэкграундом, то title у элемента просто таки необходим.

имхо важно только одно. Количество файлов в папке не больше 1000 , тоже касается подпапок.
1000 не догма, просто на него проще делить.
также не раскладывай картинки больше чем на 2-3 уровня вложенности.
т.е. a/1/2/3/4/5/6/7/8/9/0/b и т.д. от мд5 плохая идея.