Почему git не вносит изменения в коммит?

Сделайте git add . и после этого покажите статус.

(вендор под гитом это плохо)
(когда вы сделали git add . то стоило показать вывод git status чтобы было понятно что вы собрались коммитить)

Так это сабмодуль, да?

Decadal, в каталоге vendor лежат все потроха платёжки Global Payment. Пока подключал её, было столько боли, что бекаплю в три слоя, лишь бы чего не потерялось.
Алексей, сабмодуль?

Вот статус после адд:

Rinten, 1) покажите .gitignore содержимое 2) попробуйте сделать git add vendor/apache/log4php

Покажите вывод git submodule status

.gitignore
# ignore generated html files,
.idea

$ git submodule status
fatal: no submodule mapping found in .gitmodules for path 'vendor/apache/log4php'

$ git add vendor/apache/log4php
Уже пробовал, ничего не происходит.

В общем, я попробовал сделать следующее:
$ git ls-files --stage | grep 160000
160000 cac428b6f67d2035af39784da1d1a299ef42fcf2 0 vendor/apache/log4php

$ git rm -r vendor/apache/log4php --cached
rm 'vendor/apache/log4php'

$ git add .
warning: adding embedded git repository: vendor/apache/log4php
hint: You've added another git repository inside your current repository.
hint: Clones of the outer repository will not contain the contents of
hint: the embedded repository and will not know how to obtain it.
hint: If you meant to add a submodule, use:
hint:
hint: git submodule add vendor/apache/log4php
hint:
hint: If you added this path by mistake, you can remove it from the
hint: index with:
hint:
hint: git rm --cached vendor/apache/log4php
hint:
hint: See "git help submodule" for more information.

И это натолкнуло на мысль посмотреть таки, что же там в этой папке vendor/apache/log4php. И там нашлась подпапка .git. То есть, платёжка Global payment тянет композером гит одной из зависимостей. Они... нехорошие люди. Прибил эту папку, и
$ git status
On branch master
nothing to commit, working tree clean
Проблема решена.