Как исправить ошибку MySQL server has gone away совместно с peewee?

Если соединение падает от длительности работы скрипта, то вам надо увеличить wait_timeout в настройках mysql, или, что правильнее, изменить логику его работы так, чтобы работа с базой не была размазана по всему времени выполнения(Нужна база - открыли соединение, сделали работу, закрыли соединение. А не открыли при инициализации, потом ничего не делаем, соединение отваливается, и тут вдруг нам оно понадобилось, а запрос падает с ошибкой).

Как можно решить эту проблему, чтобы peewee спокойно работал с бд и не терял связь?

Ну например так https://docs.oracle.com/cd/E17952_01/connector-pyt...
https://dev.mysql.com/doc/connector-python/en/conn...