Почему не пишется .bash_history и .bash_profile?

1) .bash_profile -- это не история, сам он никогда не обновляется, шелл его сам не перепишет. Его редактирует только пользователь вручную.
2) Надо смотреть на месте, все конфиги в целом. Вообще, по умолчанию, историю bash сохраняет при выходе. Это поведение можно изменить, если Вы считаете, что игра стоит свеч (ключевые слова "history -a" чтобы сохранить и переменная "PROMPT_COMMAND", чтобы делать это после каждой команды).