Может кто знает самый оптимальный способ для создание эл. почты через код(api, etc)?

Если рассматривается свой сервер, то например, связка postfix + dovecot умеет брать данные о ящиках из базы данных, например, mysql. Или из файлов довольно простого формата.

Написать приложение, которое будет реализовывать API для работы с ящиками довольно не сложная задача, как и просто напрямую работать из своего приложения с базой данных ящиков.