Как с помощью substr() вырезать кусок кода от тега до тега?

спасибо, а как сделать что бы с header включительно?

phpavel, если конкретно в этих строках, что у вас указаны, то:

.....
preg_match('#^(.*?)<footer>#s', $str, $m);
.....

Но я так понимаю, что это просто отрывок из полного HTML-кода. По-этому в полном, чтобы получить <header> нужно просто вставить в регулярное выражение тэг, который предшествует ему:

.....
preg_match('#<тэг_перед_header>(.*?)<footer>#s', $str, $m);
.....

Тогда с айдишниками как? Если нужно например до id=footer?

phpavel, с такими запросами вам уже нужно смотреть в сторону сторонних библиотек для парсинга. Парсить это все регулярками конечно можно, но будет неудобно:
php-simple-html-dom-parser
phpquery
dom-crawler + css-selector