Как избежать пропуск строк при обновлении данных в таблице?

Что вы используете для передачи данных в гугл таблицу? Плагин или самописный код?

Вероятнее всего, что где-то на вашем сайте (например в бд) хранится номер последней заполненной строки. И в следующий раз, когда отправляется форма, данные прилететают в строку с номером +1. А раз вы удаляли строки из таблицы вручную, избегая сайт, то и получаются эти пропуски.

Можно перед отправкой данных в таблицу, получать с нее данные, находить последнюю заполненную строку (на актуальный момент времени) и засовывать данные в следующую строку.

>когда удаляю из неё ненужные данные
У гугла простая логика — ищу последнюю пустую строку и вставляю туда значения.
Если у вас, например, диапазон A1:Z999 пустой, а в ячейке Z1000 есть что-то, то гугл вставит новые значения под последнюю строку.
Думаю, проблема была в том, что вы не все данные удаляли из строк и поэтому происходил пропуск. А когда удалили сами строки (то есть удалились и данные), проблема исчезла