WOOCOMMERCE — где подключаются функции в хук?

Здравствуйте.

$_product   = apply_filters( 'woocommerce_cart_item_product', $cart_item['data'], $cart_item, $cart_item_key );

В переменную $_product записывается значение $cart_item['data'].
Это поведение можно изменить с помощью add_filter. В функции, которую Вы подключите к этому фильтру, Вам будет доступно три параметра: $cart_item['data'], $cart_item, $cart_item_key. На основе которых, Вы сможете настроить свою логику.
В своей функции Вы сделаете return что-то и именно это запишется в $_product вместо $cart_item['data'].