Как сделать ссылку невидимой после посещения?

Вы можете попробовать сделать это с использованием JS. На ссылки можете сделать какие нибудь уникальные ключи, которые, при клике на них, вы будете записывать в localStorage браузера в виде, например, массива. Ну а менять цвета и прочее у ссылок вы можете добавлением дополнительного класса к уже "кликнутым" ссылкам.