Как я понял в новой версии, Atom при открытии файлов, проверяет, входит ли директория в которой размещен файл, в родительскую директорию текущего проекта. Если директория не входит, то под открываемый файл будет запущено отдельное окно. В качестве решения, можно прописать для текущего проекта в атоме такую родительскую папку в которую наверняка будут входить все открываемые атомом файлы.
В частности на Windows при работе через WinSCP если прописать в проекте примерно такую родительскую директорию - C:\Users\USER_NAME\AppData\Local\Temp\ файлы открываемые через WinSCP будут открываться в одном окне атома. Наверное можно и просто прописать вот такой путь C:\ но тогда атом вероятно будет долго запускаться.
