Как закрыть сайт через htaccess?

Запретить просмотр/запуск всего в папке и подпапках:

deny from all
Закрыть доступ определенному IP:

order allow deny
allow from all
deny from 000.000.000.000

Открыть доступ только определенному IP:

order deny allow
deny from all
allow from 000.000.000.000

Закрыть доступ только к файлу access.json:

<Files access.json>
deny from all
</Files>

Закрыть доступ к нескольким файлам:

<Files ~ "one.file|file.next">
deny from all
</Files>