Как правильно настроить время в cron?

Подскажите, как это сделать? исполняемый файл где-то в корне системы, или на сайте?

Александр Вербицкий, если вам нужно выполнять команду "indextr -- all --rotate", то делать отдельно скрипт нет смысла. Скрипт делают, если много команд или они длинные и много пробелов.

а так, делает скрипт на баше (например) в него накидываете команды, делаете для всех доступ на чтение (или не для всех, если в файле пароли есть), и добавляете расписание в крон на запуск этого скрипта. Сам скрипт можно положить в домашний каталог

Ок, а как сделать без всяких интервалов? Просто каждые два дня в одно и то же время?

по поводу /etc/crontab, это мне прям в файле правки вносить?

Или все же можно набрать sudo crontab -e и здесь вписать:
* */2 * * * indextr -- all --rotate (без sudo, правильно?)

Через крон ровно через два дня не получится. У него логика работы такая, */2 означает "когда значение нацело делится на 2". Соответственно, скрипт запустится 30 числа, 31 и 1 не запустится, 2 снова запустится.
Только делать запуск каждый день и в скрипте уже проверять время от прошлого запуска.
/etc/crontab можно редактировать напрямую, sudo <ваш_любимый редактор> /etc/crontab. Через sudo crontab вы будете править задания рута, а не системную таблицу.
Только не забывайте, что в конце файла должна быть пустая строка, иначе крон обидится. Выглядеть строка должна так:

* */2    * * *   root   /полный/путь/indextr --all --rotate