Нужно ли ставить галочку «Попросить поисковые системы не индексировать сайт»?

А сейчас сайт индексируется? На нём есть трафик с поиска?
Если нет, то хуже от действий администратора не будет)
Меньше нуля трафика всё равно не будет))

Тем не менее, отвечаю на ваш вопрос: закрыть сайт от индексации можно в файле robots.txt, он находится в начальной папке с файлами сайта. Посмотреть его можно по адресу site.ru/robots.txt. Чтобы поисковики не индексировали сайт, нужно заменить его содержимое на следующие две строчки:

User-agent: *
Disallow: /