В какую файловую систему оптимально форматировать MicroSD?

> Чтобы складировать файлы которыми редко пользуюсь. Жесткий диск большой и тяжелый, а флешку всегда можно носить с собой в сумке с ноутом.
HDD еще и надёжный. Флешка в обозримом будущем может сказать "Ой!" и не открыться.

Опасаюсь все удалять с ноута, вдруг флешка бракована

- и надо опасаться, даже если она не бракована.
Любая флешка - как лотерея. Мало таких, которые умирают через день или через неделю. Гораздо больше их умирает через пол года, через год, через два года... И пока не умрёт - вы это не проверите. Если повезёт, то заметите начало умирания (но всё равно некоторые файлы уже будут испорчены). Так что хранить на флешках - всегда только копию того, что хранится на других носителях. Ну или то, что не жалко потерять.

Кучу мелких файлов запаковывать в архив (rar, zip, 7zip) - так экономится много места и очень ускоряется копирование.