Как создают подобные сайты?

Идете на сайт https://threejs.org/examples/ - смотрите там тонну примеров. По CTRL+U читаете код примера.
Алсо вот отличный туториал.

WebGL, Three.js, Vertex & Fragment Shaders... + Canvas + mindblowing fantasy + analytics and math skills.
Поищите на YouTube: Юра Артюх.

Там canvas - инспектор откройте ...а как рисуют это уже мастерство

Какого уровня webGL/Three нужно достичь для подобного ?

А при чем тут webGL? Или Three.js? Что бы делать такие сайты надо прочесть много разных книг. По дизайну, по css, по js, canvas, svg и т.д. И совсем не обязательно,но не лишним будет и webGL конечно. Но в последнюю очередь.

svg анимация же

Для этого нужно быть мастером-программистом по веб-разработке. Только и всего.

Везде JavaScript