Как разобраться с правами Линукса?

не сиди под рутом

- разные люди могут вкладывать разный смысл в слова, в том числе и в эти слова.
Лично для меня, если не вдаваться в тонкости, то это два пункта:
1. не ходи рутом по сети (всегда, когда это возможно)
2. не запускай сервисы от имени рута (всегда, когда это возможно)
(это если на сервере, где о десктопных приложениях речи нет)
Для выполнения этих пунктов мне даже ничего не надо специально делать - оно так работает "из коробки". Поэтому даже непонятно, что вы там такое делаете, что с этим возникают сложности. Конкретики в вопросе ноль целых и ноль десятых - "банальнейшие операции требуют каких то редактирований".

Или бросить все и пойти на рут

- под виндой многие сидят с админскими правами, и пофиг. Если безопасность - не приоритет, то аналогично и в Линуксе пофиг, сидите под рутом.

Не сиди и не используй - это несколько разные вещи. Если это сервер, то вообще, странно звучит желание не использовать рута. Вы идете на сервер, чтобы его админить, для этого необходим рут доступ. Это же очевидно