Скорее всего email с которым вы коммитите не совпадает с указанным на гитхабе.
Можете попробовать посмотреть вывод git config user.email в директории со скачанным репозиторием.
Ещё если в PyCharm`е залезть в git log должна быть возможность просматривать credentials связанные с каждым коммитом
Меняется email просто командой git config user.email "some_email@example.com"
