Стоит ли переходить с var на let и const?

Например, если вы используете Google Script, то var, потому что там что-то типа ES5.

for(let i=0;i<2;i++)for(let i=0;i<2;i++)console.log(i); //покажет 4 раза
for(var i=0;i<2;i++)for(var i=0;i<2;i++)console.log(i); //покажет 2 раза

Каждое имеет свои особенности и удобно по-своему.

потому что если что-то поменяется и надо будет ещё раз проверить, то он запустится без ошибок (о том, что переменная уже объявлена)

для доступа к переменным другого окна через window удобно создавать глобальные переменные через var

var days = 25; // Дней в периоде
var period = 3; // Как часто я ем протеин (раз в три дня)
var workDayAmount = 200; // Количество протеина в будние
var weekendAmount = 100; // Количество протеина в выходные
var total = 0;

// мы вводим проверку, делится ли numberOfDays на 3 без остатка. если да, то кормим кота.

for(var name = 1, numberOfDays = 1; numberOfDays <= days; name++, numberOfDays++) {
    if (numberOfDays%3 === 0) {
       if (name >= 1 && name <= 5) {
           total = total + workDayAmount;
       }
       if (name === 6) {
           total = total + weekendAmount;
       }
       if (name === 7) {
          total = total + weekendAmount;
          name = 0;
       }
    }
    else {
        if (name === 7) {
            name = 0;
        }
    }
}

console.log(total);

var код было принято оборачивать в функцию для красоты, удобства и избегания как раз таких вот ошибок

для доступа к переменным другого окна через window удобно создавать глобальные переменные через var