Выгрузка из 1с в bitrix?

Очевидно, что проблема не в "1С", а в настройках "Битрикса".
Далее все зависит от того, кто дорабатывал и настраивал ваш Битрикс. Если были доработки под вас, то вам нужно обращаться к программистам, которые это сделали. Если все стандартное, то тут скорее всего ваша невнимательность в настройках импорта (так как проблема не массовая) - в этом случае тоже, если не хотите самостоятельно лазить по настройкам, то наймите фрилансера, который посмотрит и подправит.

По ссылке blog.ivru.net/?id=1 процедура работы битрикса с файлом 1с. Может быть она Вас на что то натолкнёт. Кроме того есть ряд обработчиков init.php при обработке файла 1с. Можете создать их и посмотреть что битрикс делает с Вашими данными.