Linux изоляция, где использовать?

Механизмы изоляции в порядке возрастания уровня абстракции и соответственно удобства пользования
namespaces - в сущности команда chroot
control groups - русский https://habr.com/ru/company/selectel/blog/303190/ eng https://wiki.archlinux.org/index.php/cgroups docs https://www.kernel.org/doc/Documentation/cgroup-v2.txt
lxc - набор инструментов для удобного описания политик namespace и cgroups
lxd - надстройка над lxc дающая удобный и понятный интерфейс с одной консольной командой lxc с множеством ключей, например
lxc config set container1 limits.memory 512M
docker - надстройка над lxc предназначенная для удобной контейнеризации одного приложения, а не полноценной OS в отличии от lxd
На FreeBSD такое реализовано механизмами jail, bhyve которые вроде и лучше но в них редко кто умеет в силу малой распространенности FreeBSD.

LXC сильно ограничен, но может подойти. Пробуйте развернуть сервер в контейнере и лучше в LXD (там есть rest-api).
Если будут проблемы, следующим шагом я бы пробовал на OpenVZ/Virtuozzo.
И уже потом виртуализацию на уровне железа (KVM/Vmware/etc.).

Достаточно chroot'a. Именно его и используют для таких задач, если просто нужно изолировать процессы.

Выбор инструмента верный, но если вам не очень понятен принцип работы LXC, то вам надо либо читать документацию, либо отказаться от задачи, но уж точно не писать такой вопрос на тостере. =) Парой фраз в ответе на вопрос вам никто не сможет помочь разобраться в довольно сложной теме.

А так, да - создавать для каждого инстанса отдельный контейнер, конечно.

На самом деле, и обёрток для управления контейнерами немало, но вам для решения вашей задачи LXC в общем-то вполне достаточно, подниматься на уровни выше и использовать более сложные обёртки над теми же механизмами смысла не много.

Вообще, вам надо почитать собственно о том, чем вы будете управлять, а именно о namespaces и cgroups прежде всего. Возможно, это поставит для вас всё на свои места...

попробуй поиграться с ограничениями юнита в systemd.
ограничение по использованию процессора, памяти и дисков в нем есть встроенные.
в памятках есть пара старых статеек 0pointer.de/blog/projects/resources.html vladimir-stupin.blogspot.com/2013/03/systemd-3.html
ну и ман https://www.freedesktop.org/software/systemd/man/s...