Как изменить рабочий каталог через конфиг?

Ну так он пытается нервно отсканить всё находящееся в вашей /home директории, если из под рута то ещё и всех юзеров, но даже в вашей домашней директории более чем достаточно различного кэша, взять хотя-бы браузер.

В общем два пути:
1. Удалить каталог с конфигами саблайма, искать в .config .local .sublime или отыскать конкретно файл в котором он сессию сохраняет
2. Просто запустите саблайм из консоли "sublime ."
Я не вкурсе как в линухе бинарник зовётся его, так что сами, главное с точкой через пробел. Любой нормальный редактор это воспринимает как "открыться и поставить текущий каталог как рабочий" а не грузить сессию сохранённую (соответсвенно в консольке перейти в каталог в котором не 100500 файлов :)).