Как адаптировать IE11 к флекбоксам?

посмотри здесь https://github.com/philipwalton/flexbugs может найдешь причину поломки

Подозреваю, что вы часто пишите просто flex: 1; в своих правилах, в IE11 надо указывать полностью, например flex: 1 1 auto;. Это одна из самых частых причин.

Практика показывает, что флексы довольно сносно работают в последнем IE.
Попробуйте прогнать стили через автопрефиксер. В простых случаях этого достаточно.

Всегда указывайте все 3 значения: flex-basis, flex-grow, flex-shrink.

Если во flex-basis вы используете calc(), то пишите его в отдельном свойстве, а не в компиляционном свойстве flex.

Ну и ещё ряд моментов. Без кода проблемных участков — разговор ни о чём, поэтому пользуйтесь вышеуказанными источниками для выяснения проблемных участков кода.